Muzeum Niepodległości powstało 30 stycznia 1990 r. jako Muzeum Historii Polskich Ruchów Niepodległościowych i Społecznych. Główna siedziba nowej placówki została ustanowiona przez Ministerstwo Kultury i Sztuki w Pałacu Przebendowskich/Radziwiłłów, gdzie poprzednio mieściło się Muzeum Lenina (1955-1989). Magazyny zbiorów, działy historyczne oraz biblioteka mieściły się w pawilonie w pobliżu Zamku Ujazdowskiego. Pawilon ten został odebrany Muzeum Niepodległości przez MKiS i przekazany na siedzibę Ośrodka Dokumentacji Zabytków (w 1991 i 1993 r.). Muzeum Niepodległości objęło też dwa oddziały: Muzeum X Pawilonu C.W. oraz Muzeum Więzienia Pawiak. W 1991 r. placówka uzyskała nową nazwę, która obowiązuje nadal.

W 1992 r. Muzeum Niepodległości uzyskało status Narodowej Instytucji Kultury. W latach 1990-2008 placówka zorganizowała ponad 200 wystaw, które zwiedziło blisko 2 mln widzów. Muzeum Niepodległości prowadzi od początku urozmaiconą, intensywną działalność edukacyjną (lekcje muzealne, konkursy, seanse filmowe, spektakle teatralne, odczyty i sesje popularnonaukowe), artystyczno-kulturalną (koncerty, programy słowno-muzyczne), popularyzatorską (spotkania autorskie, promocje książek) i wydawniczą. Siedem wystaw zostało nagrodzonych lub wyróżnionych w dorocznych konkursach na „Muzealne wydarzenie roku”.

Od 1 stycznia 1999 r. Muzeum jest samorządową instytucją kultury, jej organizatorem jest Zarząd Województwa Mazowieckiego.