Muzeum w Tarnowskich Górach rozpoczęło swoją działalność w 1958 roku. Idea utworzenia miejskiego muzeum pojawiła się jednak dużo wcześniej. Jego zalążkiem miał być zbiór zabytkowych monet, przekazany tutejszemu magistratowi przez jednego z mieszkańców Tarnowskich Gór w 1886 roku. Trudno ustalić dalsze losy zaginionej kolekcji numizmatów: wiadomo, że w 1900 roku zbiór liczył 382 obiekty, a jego przejęciem zainteresowane było wrocławskie Muzeum Rzemiosła Artystycznego i Starożytności.

Do koncepcji miejskiego muzeum powrócono w okresie międzywojennym. Z myślą o przyszłej instytucji zabezpieczono m.in. monety i dokumenty, wydobyte w 1927 roku z gałki wieży tarnogórskiego kościoła św. św. Piotra i Pawła. W kolejnej dekadzie, wraz z pojawieniem się planów turystycznego udostępnienia fragmentów tarnogórskich podziemi, rozpoczęto akcję gromadzenia zbiorów dla planowego muzeum. Fryderyk Antes, ówczesny burmistrz Tarnowskich Gór, wystąpił wtedy do władz państwowych o zgodę na utworzenie placówki. Starania te zostały jednak przerwane wybuchem drugiej wojny światowej.

Inicjatywę udało się sfinalizować dopiero w latach 50. minionego stulecia dzięki zaangażowaniu lokalnej społeczności, a dokładnie założonego w 1954 roku Stowarzyszenia Miłośników Historii i Zabytków Ziemi Tarnogórskiej (obecnie Stowarzyszenie Miłośników Ziemi Tarnogórskiej). Pierwsze ekspozycje nowego muzeum otwarto we wrześniu 1958 roku w uratowanej kamienicy przy rynku, zwanej domem Sedlaczka. Z początkiem kolejnego roku muzeum stało się oddziałem Muzeum Górnośląskiego w Bytomiu, natomiast od lipca było administrowane przez Prezydium Miejskiej Rady Narodowej w Tarnowskich Górach. W 1990 roku Muzeum w Tarnowskich Górach przekształcono w samodzielną instytucję kultury, prowadzoną przez Gminę Tarnowskie Góry.

Muzeum Niepodległości powstało 30 stycznia 1990 r. jako Muzeum Historii Polskich Ruchów Niepodległościowych i Społecznych. Główna siedziba nowej placówki została ustanowiona przez Ministerstwo Kultury i Sztuki w Pałacu Przebendowskich/Radziwiłłów, gdzie poprzednio mieściło się Muzeum Lenina (1955-1989). Magazyny zbiorów, działy historyczne oraz biblioteka mieściły się w pawilonie w pobliżu Zamku Ujazdowskiego. Pawilon ten został odebrany Muzeum Niepodległości przez MKiS i przekazany na siedzibę Ośrodka Dokumentacji Zabytków (w 1991 i 1993 r.). Muzeum Niepodległości objęło też dwa oddziały: Muzeum X Pawilonu C.W. oraz Muzeum Więzienia Pawiak. W 1991 r. placówka uzyskała nową nazwę, która obowiązuje nadal.

W 1992 r. Muzeum Niepodległości uzyskało status Narodowej Instytucji Kultury. W latach 1990-2008 placówka zorganizowała ponad 200 wystaw, które zwiedziło blisko 2 mln widzów. Muzeum Niepodległości prowadzi od początku urozmaiconą, intensywną działalność edukacyjną (lekcje muzealne, konkursy, seanse filmowe, spektakle teatralne, odczyty i sesje popularnonaukowe), artystyczno-kulturalną (koncerty, programy słowno-muzyczne), popularyzatorską (spotkania autorskie, promocje książek) i wydawniczą. Siedem wystaw zostało nagrodzonych lub wyróżnionych w dorocznych konkursach na „Muzealne wydarzenie roku”.

Od 1 stycznia 1999 r. Muzeum jest samorządową instytucją kultury, jej organizatorem jest Zarząd Województwa Mazowieckiego.